Este artículo original de 2018, ha sido revisado en 2026 en base a las nuevas guías clínicas.
La microbiota intestinal es el conjunto de microorganismos que habitan en nuestro aparato digestivo. Bacterias, arqueas, virus y hongos forman un ecosistema complejo que interactúa continuamente con nuestro organismo.
Lejos de ser simples habitantes del intestino, estos microorganismos participan en la digestión y fermentación de componentes de los alimentos, la producción de determinados metabolitos y vitaminas, el mantenimiento de la barrera intestinal y la regulación del sistema inmunitario.
Además, existe una comunicación bidireccional entre el intestino y el sistema nervioso a través del denominado eje microbiota-intestino-cerebro.
En las últimas décadas se han encontrado alteraciones de la microbiota asociadas a numerosas enfermedades digestivas, metabólicas, inmunitarias y neurológicas.
En este artículo explicamos qué es la microbiota intestinal, cómo se forma, cuáles son sus principales funciones, qué factores pueden alterarla y qué sabemos actualmente sobre su relación con la salud.
¿Qué es la microbiota intestinal?
La microbiota está formada por una enorme comunidad de microorganismos que conviven con nosotros y establecen diferentes relaciones con el organismo.
El término microbioma, aunque en ocasiones se utiliza como sinónimo, hace referencia principalmente al conjunto de microorganismos, sus genes y su entorno funcional.
Las estimaciones actuales indican que el número de células bacterianas presentes en nuestro organismo es similar al número de células humanas.
La mayor concentración de microorganismos del aparato digestivo se encuentra en el colon, donde las condiciones ambientales y la disponibilidad de nutrientes permiten mantener una comunidad microbiana especialmente abundante y diversa.
La microbiota no se distribuye de forma homogénea. Su composición cambia a lo largo del aparato digestivo y también existen diferencias entre los microorganismos presentes en la luz intestinal y los que se encuentran próximos a la mucosa.
¿Cómo se forma la microbiota?
La microbiota comienza a desarrollarse durante las primeras etapas de la vida y experimenta importantes cambios durante los primeros años.
En su formación intervienen numerosos factores, entre ellos:
- Modo de nacimiento.
- Tipo de alimentación durante la infancia.
- Uso de antibióticos y otros medicamentos.
- Alimentación.
- Entorno.
- Contacto con microorganismos.
- Edad.
- Genética.
- Estilo de vida.
Parto y microbiota intestinal
El modo de nacimiento influye en las primeras comunidades microbianas que colonizan al recién nacido. Los bebés nacidos por parto vaginal y los nacidos por cesárea presentan diferencias en la composición inicial de su microbiota.
Además, otros factores asociados al nacimiento, como la exposición a antibióticos, el entorno hospitalario o el tipo de alimentación, también pueden influir.
Estas diferencias tienden a modificarse durante los primeros años de vida, por lo que no debe interpretarse el nacimiento por cesárea como una causa inevitable de problemas de salud posteriores.
Lactancia y microbiota
La leche materna contiene microorganismos y oligosacáridos de la leche humana que contribuyen al desarrollo de la microbiota del lactante.
Estos oligosacáridos no son utilizados principalmente como fuente energética por el bebé, sino que sirven de sustrato para determinadas bacterias intestinales, especialmente algunas especies de Bifidobacterium.
A medida que se introducen nuevos alimentos, la microbiota va aumentando progresivamente su diversidad y adquiriendo características más próximas a las del adulto.
Composición de la microbiota intestinal
La microbiota intestinal contiene cientos de especies microbianas y presenta una importante variabilidad entre individuos.
Entre los filos bacterianos más estudiados se encuentran:
- Firmicutes.
- Bacteroidetes.
- Actinobacteria.
- Proteobacteria.
- Verrucomicrobia.
Sin embargo, no existe una única composición de microbiota que pueda considerarse ideal para todas las personas.
Incluso individuos sanos pueden presentar perfiles microbianos bastante diferentes.
¿Qué son los enterotipos?
El concepto de enterotipo surgió al observar que algunos perfiles de microbiota podían agruparse según la abundancia relativa de determinados géneros bacterianos.
Inicialmente se propusieron varios grupos dominados por bacterias como Bacteroides o Prevotella.
Actualmente se considera que la composición de la microbiota es mucho más compleja y dinámica, y que no todas las personas pueden clasificarse de forma rígida dentro de tres enterotipos perfectamente diferenciados.
Factores como la alimentación, el entorno, los medicamentos y el estilo de vida pueden modificar su composición.
Principales funciones de la microbiota intestinal
La microbiota participa en numerosos procesos fisiológicos. Sus funciones pueden agruparse principalmente en funciones metabólicas, inmunitarias, protectoras y relacionadas con el mantenimiento de la barrera intestinal.
1. Funciones metabólicas
Los microorganismos intestinales fermentan componentes de los alimentos que nuestras propias enzimas digestivas no pueden degradar completamente.
La fermentación de determinados tipos de fibra permite producir ácidos grasos de cadena corta, principalmente: acetato, propionato y butirato.
Estos metabolitos participan en diferentes procesos fisiológicos. El butirato, por ejemplo, constituye una importante fuente energética para las células del colon.
La microbiota también interviene en el metabolismo de ácidos biliares y otros compuestos y contribuye a la síntesis de determinadas vitaminas.
2. Funciones inmunitarias
El intestino contiene una parte muy importante del sistema inmunitario. La interacción entre microbiota, epitelio intestinal y células inmunitarias contribuye al desarrollo y regulación de las respuestas defensivas.
Uno de los grandes retos del sistema inmunitario intestinal consiste precisamente en tolerar microorganismos y componentes alimentarios inocuos y responder frente a posibles patógenos.
3. Efecto barrera
La microbiota participa en la resistencia frente a la colonización por microorganismos potencialmente patógenos.
Entre otros mecanismos, los microorganismos intestinales compiten por nutrientes y espacios ecológicos y algunos producen sustancias con actividad antimicrobiana.
La microbiota también interactúa con la capa de moco y el epitelio intestinal, contribuyendo al mantenimiento de la función barrera del intestino.
4. Función trófica
Los metabolitos producidos por la microbiota participan en el mantenimiento y renovación del epitelio intestinal.
Los ácidos grasos de cadena corta producidos mediante la fermentación de fibra tienen especial interés en este proceso.
5. Comunicación con el sistema nervioso
El intestino, la microbiota y el cerebro mantienen una comunicación bidireccional mediante vías nerviosas, inmunitarias, endocrinas y metabólicas.
Esta red se conoce como eje microbiota-intestino-cerebro.
En ella participan, entre otros:
- El sistema nervioso entérico.
- El nervio vago.
- El sistema inmunitario.
- Hormonas.
- Metabolitos bacterianos.
- El metabolismo del triptófano.
Una gran proporción de la serotonina del organismo se produce en el aparato gastrointestinal, principalmente por las células enterocromafines. Sin embargo, esta serotonina periférica no equivale directamente a la serotonina cerebral, ya que no atraviesa libremente la barrera hematoencefálica.
¿Qué es la disbiosis intestinal?
El término disbiosis intestinal describe alteraciones en la composición o función del ecosistema microbiano que se han asociado con determinados estados de enfermedad.
Puede implicar cambios como:
- Pérdida de diversidad microbiana en determinados contextos.
- Reducción de algunas bacterias productoras de metabolitos beneficiosos.
- Incremento de microorganismos potencialmente perjudiciales.
- Cambios en las funciones metabólicas de la comunidad microbiana.
Entre los factores capaces de modificar la microbiota se encuentran:
- Una alimentación poco variada y pobre en fibra.
- Uso de antibióticos.
- Otros medicamentos.
- Infecciones gastrointestinales.
- Estrés.
- Alcohol y tabaco.
- Cambios importantes en el estilo de vida.
Microbiota y permeabilidad intestinal
La microbiota mantiene una relación estrecha con la mucosa y la barrera intestinal.
Las células del epitelio están conectadas mediante estructuras que regulan selectivamente el paso de moléculas desde el intestino hacia el organismo.
En determinadas enfermedades pueden producirse alteraciones de esta función y un aumento de la permeabilidad intestinal.
Microbiota, inflamación y barrera intestinal pueden influirse mutuamente, pero actualmente no es correcto afirmar que la permeabilidad intestinal sea la «antesala de todas las enfermedades autoinmunes y degenerativas».
Se trata de un mecanismo estudiado en distintas patologías cuya importancia y causalidad dependen de cada enfermedad.
Si quieres profundizar en este tema, consulta nuestros artículos sobre disbiosis, permeabilidad intestinal y Sensibilidad Química Múltiple.
Microbiota y enfermedad inflamatoria intestinal
La enfermedad inflamatoria intestinal (EII), que incluye principalmente la enfermedad de Crohn y la colitis ulcerosa, se relaciona con una compleja interacción entre predisposición genética, sistema inmunitario, factores ambientales y microbiota.
En personas con EII se han observado cambios en la composición y función de la microbiota, entre ellos alteraciones de determinadas bacterias productoras de butirato.
Una de las especies más estudiadas es Faecalibacterium prausnitzii, cuya abundancia puede encontrarse reducida en determinados pacientes con enfermedad de Crohn.
Microbiota, síndrome de intestino irritable y SIBO
La microbiota también se estudia intensamente en los denominados trastornos de la interacción intestino-cerebro, especialmente en el síndrome de intestino irritable.
En estos pacientes pueden intervenir simultáneamente factores relacionados con motilidad intestinal, sensibilidad visceral, alimentación, microbiota, sistema inmunitario y comunicación intestino-cerebro.
También es importante diferenciar la disbiosis del sobrecrecimiento bacteriano del intestino delgado (SIBO), ya que no son conceptos equivalentes. Puedes ampliar información en nuestra guía sobre alimentación recomendada en SIBO.
Microbiota y obesidad
Existe una relación entre alimentación, microbiota y metabolismo, y numerosos estudios han encontrado diferencias en la microbiota de personas con y sin obesidad.
Uno de los experimentos más conocidos trasplantó microbiota de gemelas discordantes para obesidad a ratones libres de gérmenes. Los animales desarrollaron diferencias metabólicas dependiendo de la microbiota recibida.
Estos experimentos muestran que la microbiota puede participar en la regulación metabólica, pero los resultados obtenidos en animales no pueden trasladarse directamente a tratamientos para la obesidad en humanos.
También se ha estudiado durante años el ratio Firmicutes/Bacteroidetes. Actualmente sabemos que es demasiado variable para utilizarlo de forma aislada como indicador de obesidad, disbiosis o salud intestinal.
Fibra, alimentación y microbiota
La alimentación es uno de los principales factores modificables que influyen sobre la actividad de la microbiota.
Las bacterias intestinales pueden fermentar determinados tipos de fibra y producir ácidos grasos de cadena corta.
Por este motivo, cuando existe una buena tolerancia digestiva, resulta interesante consumir diferentes fuentes vegetales: verduras y hortalizas, frutas, legumbres, cereales integrales, frutos secos y semillas.
Una alimentación predominantemente vegetal puede aportar fibra, polifenoles y otros compuestos utilizados o transformados por la microbiota.
Más que intentar aumentar una única especie bacteriana, el objetivo nutricional debería ser favorecer un ecosistema intestinal funcional y una alimentación variada.
Microbiota y alergias
La microbiota participa en el desarrollo y regulación del sistema inmunitario, por lo que existe un importante campo de investigación sobre su relación con las alergias y enfermedades atópicas.
Se han observado diferencias en la microbiota de algunos niños que posteriormente desarrollan alergias, asma o dermatitis atópica. Si necesitas información nutricional específica puedes consultar nuestro artículo sobre alimentación y dermatitis.
Microbiota y eje intestino-cerebro
Uno de los campos más interesantes de investigación es la comunicación entre microbiota, intestino y cerebro.
Actualmente sabemos que esta comunicación es bidireccional. El cerebro puede modificar la función intestinal mediante el sistema nervioso autónomo y las respuestas al estrés, mientras que las señales procedentes del intestino pueden llegar al sistema nervioso mediante vías nerviosas, inmunitarias y metabólicas.
Se han encontrado asociaciones entre alteraciones de la microbiota y diferentes enfermedades neurológicas y psiquiátricas.
No obstante, en muchas de ellas todavía no sabemos si los cambios de microbiota contribuyen al desarrollo de la enfermedad, aparecen como consecuencia de ella o responden a otros factores como la alimentación, la medicación o el estilo de vida.
Microbiota y autismo
Las personas con trastorno del espectro autista pueden presentar con mayor frecuencia determinados síntomas gastrointestinales y se han investigado posibles diferencias en su microbiota intestinal.
Sin embargo, actualmente no existe evidencia suficiente para considerar la alteración de la microbiota como una causa única del autismo.
La relación es compleja y puede ser bidireccional: los patrones alimentarios, los síntomas gastrointestinales y otras características asociadas al trastorno pueden modificar también la microbiota.
Microbiota y Sensibilidad Central
El eje intestino-cerebro-inmunitario también está siendo investigado en enfermedades caracterizadas por dolor, fatiga y respuestas aumentadas frente a determinados estímulos.
Dentro de este contexto existe interés por conocer la posible participación de la microbiota y la barrera intestinal en algunos pacientes con Síndrome de Sensibilidad Central o con Sensibilidad Química Múltiple (SQM).
¿Cómo cuidar la microbiota intestinal?
No existe una única dieta capaz de garantizar una microbiota «perfecta», pero determinados hábitos pueden contribuir a mantener un ecosistema intestinal saludable.
- Consume una alimentación variada: especialmente diferentes alimentos vegetales cuando exista buena tolerancia.
- Asegura suficiente fibra: frutas, verduras, legumbres, cereales integrales, frutos secos y semillas aportan distintos tipos de fibra.
- Incluye alimentos ricos en polifenoles: frutas, verduras, aceite de oliva virgen extra, cacao, hierbas y especias aportan diferentes compuestos bioactivos.
- Evita restricciones innecesarias: eliminar numerosos alimentos sin una indicación puede reducir la variedad de sustratos disponibles para la microbiota.
- Haz ejercicio regularmente: la actividad física forma parte de un estilo de vida saludable y también se ha relacionado con diferencias en la microbiota.
- Evita el tabaco y limita el alcohol: ambos pueden afectar negativamente a la salud gastrointestinal.
- Utiliza antibióticos cuando estén indicados: son medicamentos esenciales, aunque pueden modificar temporalmente la microbiota intestinal.
¿Necesitamos probióticos para mejorar la microbiota?
Los probióticos son microorganismos vivos que, administrados en cantidades adecuadas, pueden proporcionar un beneficio para la salud.
Pero sus efectos son dependientes de la cepa, dosis y situación clínica. Por ello no podemos asumir que cualquier probiótico sea útil para cualquier problema digestivo.
En algunas situaciones concretas existen cepas con evidencia clínica, mientras que en otras patologías los resultados son todavía insuficientes o contradictorios.
¿Se puede analizar la microbiota?
Actualmente existen técnicas capaces de estudiar la composición de la microbiota mediante secuenciación genética. Estas herramientas han sido fundamentales para la investigación del microbioma humano.
Sin embargo, interpretar un análisis individual de microbiota con fines clínicos continúa siendo complejo porque existe una enorme variabilidad entre personas sanas y todavía no disponemos de valores universales que definan una microbiota ideal.
Preguntas frecuentes sobre microbiota intestinal
¿Microbiota y flora intestinal son lo mismo?
En lenguaje cotidiano suelen utilizarse como sinónimos. Sin embargo, actualmente se prefiere el término microbiota intestinal, ya que «flora intestinal» procede de una clasificación histórica que consideraba estos microorganismos como pertenecientes al reino vegetal.
¿Qué diferencia hay entre microbiota y microbioma?
La microbiota hace referencia principalmente a la comunidad de microorganismos presentes en un entorno, mientras que el concepto de microbioma puede incluir también sus genes, funciones y el ecosistema en el que viven.
¿Qué es la disbiosis?
Es un término utilizado para describir alteraciones en la composición o función de la microbiota asociadas a determinados estados de enfermedad. No constituye por sí misma un diagnóstico clínico independiente.
¿La microbiota puede causar enfermedades?
La microbiota participa en numerosos procesos fisiológicos y puede contribuir a determinados mecanismos de enfermedad. Sin embargo, en muchas patologías todavía resulta difícil establecer si la alteración microbiana es causa, consecuencia o ambas cosas.
¿Los antibióticos dañan la microbiota?
Los antibióticos pueden producir cambios importantes en la microbiota porque afectan tanto a bacterias patógenas como a determinadas bacterias comensales.
Estos cambios dependen del antibiótico, la duración del tratamiento y las características individuales.
¿Qué alimentos son buenos para la microbiota?
Cuando existe buena tolerancia, una alimentación variada que incluya frutas, verduras, legumbres, cereales integrales, frutos secos y semillas proporciona diferentes tipos de fibra y compuestos vegetales que pueden ser utilizados por la microbiota.
¿Existe una microbiota perfecta?
No. Existe una importante variabilidad entre individuos sanos y todavía no disponemos de una composición microbiana única que pueda considerarse óptima para toda la población.
Referencias científicas
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Si presentas síntomas digestivos persistentes, cambios importantes del ritmo intestinal, dolor abdominal o intolerancia a numerosos alimentos, es recomendable realizar una valoración individualizada antes de iniciar dietas restrictivas o tomar suplementos dirigidos a modificar la microbiota.
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